Alpy leżą na pograniczu dwóch stref klimatycznych, skłon zachodni i północny pozostaje pod wpływem klimatu umiarkowanego, skłon południowy - podzwrotnikowego. Średnia temperatura lipca u podnóży gór wynosi od +8 °C w Alpach Nadmorskich, do -2 °C w Alpach Austriackich i od +19 °C na północnym skłonie do +24 °C na południu. Temperatura obniża się stopniowo wraz ze wzrostem wysokości.

Najwięcej opadów otrzymują Alpy Zachodnie - do 4000 mm rocznie, Alpy Wschodnie ok. 2500-3000 mm, najniższe opady (poniżej 500 mm) notowane są w wewnętrznych kotlinach Alp Wschodnich. Powyżej ok. 2300 m n.p.m. opady występują tylko w postaci śniegu. Charakterystycznym zjawiskiem są silne, ciepłe wiatry fenowe. Alpy są obszarem źródłowym wielu rzek Europy Zachodniej, biorą tu swój początek: Adyga, Pad i większość jego dopływów (m.in.: Ticino, Adda, Oglio), Rodan i jego dopływy (Durance i Isère), Ren i jego dopływ Aare oraz wiele rzek dorzecza Dunaju (m.in.: Lech, Inn, Salzach, Aniza, Raba, Mura, Drawa i Sawa). Szerokie, wychodzące na przedpole Alp doliny wypełniają miejscami rozległe polodowcowe jeziora, m.in.: Genewskie, Czterech Kantonów, Bodeńskie, Garda, Como, Maggiore.